学生社团是在我校党委领导和团委指导下，根据成长成才需要，结合自身兴趣特长，开展活动的群众性学生团体，旨在通过社团的各种活动和项目，为同学们提供一个贴近生活、互相交流、共同成长的平台。
我校社团活动涵盖思想政治类、学术科技类、创新创业类、文化体育类、志愿公益类、自律互助类几大种类。学术科技类社团以学术研究和学习交流为主，通过定期举办学术论坛、研讨会、读书会等活动，旨在提高学生的学术素养和研究能力，培养“科学家精神”。武汉教育基地“小洪山记者团”、动物研究所“律动的银杏林”、兰州教育基地《科兰学子》编辑部、化学研究所“化学元素”化研社、上海生命科学研究院“求索讲坛”等社团将学习与兴趣爱好结合，为广大青年服务。
自律互助类社团通过组织讲座、讨论会、培训课程等促进成员之间的交流学习，帮助成员提高自我管理能力。
文化体育类聚焦于文化艺术领域，以文艺比赛、体育竞技、健身课程等形式开展，为学生提供展示才艺、欣赏艺术、强身健体的平台。国科大博士合唱团、民族管弦乐团、追梦话剧社等社团每年积极参加各类文艺活动，并定期举办专场演出。上海分院篮球协会、成都教育基地羽毛球协会、国科大爱跑协会等社团积极举办和参与各类比赛。
志愿公益类社团是由志愿者组成的主要着眼于社会服务的组织，活动涉及社区服务、环境保护、教育支持、健康关怀等多个领域，培养学生的社会责任感和实际操作能力。上海天文台青年志愿者协会、理化技术研究所“向日葵”爱心社、国科大青年志愿者协会、科苑支教社等志愿组织积极参与公益服务。
创新创业类社团活动以科技创新和发明为主，如组织科技比赛、创新创业大赛、科研项目等，激发学生的创造力和实践能力，提升学生的组织力、引领力、服务力。
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